W zbiorach archiwum znajdują się dokumenty, plany budowlane (z podpisem Władysława Marconiego) oraz fotografie, począwszy od 1903 r. Niepublikowane archiwalia, które nie były dotąd poddane profesjonalnemu uporządkowaniu i zabezpieczeniu, zgromadzone przez 130 lat nieprzerwanej działalności towarzystwa, stanowią cenne źródło informacji o warszawskiej filantropii i działaniach dobroczynnych w XIX-wiecznej Warszawie.
Na stronie internetowej stowarzyszenia prezentowane są archiwalne fotografie (najstarsza pochodzi z końca XIX w.) związane z historią Towarzystwa Przytułku św. Franciszka Salezego w Warszawie, archiwalne fotografie członków stowarzyszenia oraz skany kilku dokumentów z XX w. dotyczących działalności stowarzyszenia – m.in. statutu z 1903 r. z naniesionymi w 1920 r. poprawkami oraz statutu z 1934 r., a także skany wycinków prasowych z lat 1895–1907.