Archiwum opiekuje się spuścizną historyka i archiwisty Stanisława Flisa (1964─2014). Spuścizna zawiera: materiały biograficzne dotyczące Flisa, jego publikacje, fotografie jego autorstwa, w tym kolekcję fotografii marynistycznej, dokumentację do badań, korespondencję prywatną i urzędową, materiały z wystaw przez niego organizowanych, materiały rodzinne, materiały kolekcjonerskie Flisa oraz materiały o twórcy zespołu. Digitalizacji poddawana jest kolekcja fotografii marynistycznej, która jest udostępniona na portalu Zbiory Społeczne. Granice chronologiczne zbioru obejmują lata 1900–2015, rozmiar zasobu: 71,00 jednostek archiwalnych i 5,00 metrów bieżących.
Archiwum Fundacji im. Stanisława Flisa „Archiwa Pomorskie”
Podmiot prowadzący archiwum
Fundacja „Archiwa Pomorskie” została powołana w 2015 r. dla uczczenia pamięci Stanisława Flisa oraz realizacji celów, które były bliskie jego sercu. Flis był gdańskim historykiem i archiwistą, człowiekiem z wizją i pasją. Przez 19 lat związany był z Archiwum Państwowym w Gdańsku, następnie z Instytutem Pamięci Narodowej, pracował także w archiwum Komisji Krajowej NSZZ „Solidarność”. Zarówno w pracy naukowej, jak i w praktyce koncentrował się na zastosowaniu nowoczesnych rozwiązań informatycznych w pracy archiwalnej oraz udostępnianiu zasobu archiwalnego. Był wieloletnim prezesem gdańskiego Oddziału Stowarzyszenia Archiwistów Polskich, autorem i organizatorem licznych wystaw archiwalnych, warsztatów, konferencji, często realizowanych we współpracy z innymi organizacjami, np. z Nadbałtyckim Centrum Kultury. Był autorem m.in. przewodnika po archiwach Polskiego Instytutu Naukowego w Ameryce oraz informatora o źródłach z archiwów polskich do dziejów stosunków miast bałtyckich i żeglugi na Bałtyku w latach 1450─1800. W ciągu swojej kariery zawodowej wcielał w życie ideę przybliżenia wiedzy o zbiorach archiwalnych jak najszerszej publiczności. Poprzez organizowanie przedsięwzięć nie tylko popularyzował historię, w tym zwłaszcza historię Pomorza, ale też konsekwentnie podkreślał ogromne bogactwo wiedzy, jaką można wynieść z zasobów archiwalnych.