Zbiory Archiwum Dokumentowego dzielą się na Archiwum Wschodnie (1901─1956), Archiwum Opozycji (1956─1990), Archiwum Fotografii, w jego zasobie znajduje się także kolekcja „Solidarność – narodziny ruchu”, wpisana na listę najważniejszych światowych zbiorów archiwalnych UNESCO.
Archiwum Fotografii gromadzi ok. 300 tysięcy zdjęć, w tym kolekcje prywatne oraz kolekcje zawodowych fotografów i fotoreporterów. Na zasób składają się m.in.: albumy rodzinne ze zdjęciami od przełomu XIX i XX w., zbiór zdjęć osób zesłanych w głąb ZSRR, fotografie dokumentujące II wojnę światową, działalność opozycji w PRL-u i okres transformacji ustrojowej.
Na zasób Archiwum Historii Mówionej składają się relacje biograficzne – ok. 5 tys. nagrań audio i wideo, obejmujących cały XX w., relacje świadków historii nagrane w ramach projektów „Polacy na Wschodzie”, „Pamiętanie Peerelu”, „Kobiety wobec totalitaryzmu”, „XX wiek na Zaolziu”, „Ocaleni z Mauthausen” i inne.