Materiały zamieszczone na Wirtualnym Muzeum Kwidzyna dotyczą miasta, jego okolic i regionu. Udostępnione są one w postaci pojedynczych plików w formacie jpg lub pdf i podzielone na następujące działy: Eksponaty, Czytelnia, Gabinet obrazu, Kartografia, Medioteka, Wycieczki w teren, Ludzie.
W dziale Eksponaty poza zdjęciami muzealiów, dokumentów życia społecznego i zabytkowych przedmiotów, znajdują się także skany archiwalnych fotografii. Dział Czytelnia dzieli się na grupy Dokumenty, Książki, Czasopisma, Druki ulotne i plakaty, które kolejno zawierają: materiały z XX w. (niektóre skany pochodzą ze zbioru Archiwów Państwowych); wydawnictwa polskie i niemieckojęzyczne z XIX i XX w.; publikacje periodyczne w języku polskim i niemieckim z XX w.; dwudziestowieczne materiały o charakterze dokumentacyjnym, informacyjnym, reklamowym i propagandowym. W dziale Gabinet obrazu znajdują się m.in. skany archiwalnych fotografii przedstawiających miasto i jego życie codzienne (zdjęcia oraz pocztówki). W dziale Kartografia prezentowane są skany map Kwidzyna z XVIII i XIX w. (oryginały znajdują się w Tajnym Państwowym Archiwum w Berlinie). Medioteka to dział zawierający materiały filmowe (najstarsze pochodzą z 1966 r.) oraz audialne. Udostępniono w nim filmy pochodzące z prywatnych kolekcji oraz materiały współczesne przygotowane specjalnie dla Wirtualnego Muzeum Kwidzyna.
Zbiory udostępnione w Wirtualnym Muzeum Kwidzyna pochodzą z różnych źródeł, w tym prywatnych, i zostały opublikowane za zgodą ich właścicieli. Witryna ma kilku partnerów, w tym Archiwum Państwowe w Elblągu z siedzibą w Malborku oraz Archiwum Miejskie w Celle w Niemczech. Większość fotografii pochodzi z kolekcji prywatnych. Wszystkie materiały zamieszczone na witrynie są opisane wraz z podaniem źródła, z którego pochodzą.